医学数据挖掘精品课程 GEO、TCGA、Oncomine数据库

admin

本系列课程将以视频的方式跟大家一起交流数据挖掘的神奇之处，用R软件和perl带大家玩转基因数据，从最简单的数据下载到最后我们绘制一张5年生存率，这桌饕餮盛宴，一定符合大家的口味。



目前市面上较少有系统的数据挖掘方面的视频，很多资料也是零零散散，我们将其进行整理，按照挖掘的一般流程跟大家进行讲解，整个思路将会非常清晰。

现在分析基因数据的软件非常多，有些有文献支持，有些有点山寨、对于很多初学者其实非常不容易选择。我们不仅会在第二讲中会讲GEO的一些在线工具，更多地我们选择目前最常用，也是最经典的两种编程软件，R和PERL跟大家进行讲解。这两种软件也是目前功能非常最为强大的编程工具，几乎可以解决数据挖掘方面的绝大部分操作。其中用R软件做出的可视化效果非常好，不是一般普通软件可以替代，而且可以进行不断加工和优化。其次，编程的代码已经帮大家整理好，大家并不需要担心自己不会编程，只要照着视频做，一般不会有太大问题。

现在数据库有很多，我们这次课程主要选择了GEO和TCGA，分别是当前最全面的数据库和最大的肿瘤数据库，掌握这两个数据库，可以帮助大家解决科研方面很多问题。

最后一点，我们此次的教学目的很简单，不提倡走马观花地学习各种数据库，而是踏踏实实将这两个重要的数据库的操作讲解给大家听。我们保证这套视频都是实实在在的干货，只讲学员最为关心的内容，不会穿插与课程不相关的内容。

├── 1数据挖掘概述.mp4
├── 2.GEO在线工具的应用.mp4
├── 3.GEO数据下载和数据质量分析.mp4
├── 4.原始数据预处理.mp4
├── 5.寻找差异基因及制作热图和火山图.mp4
├── 6.GO富集分析.mp4
├── 7.KEGG分析(修复).mp4
├── 8.蛋白互作网络.mp4
├── 9.TCGA数据下载.mp4
├── 10.TCGA数据整理和基因注释.mp4
├── 11.寻找差异基因和制作5年生存率.mp4
├── 12.Oncomine概述及Meta分析.mp4
├── 13.Oncomine之差异分析及共表达分析.mp4
├── 课程脚本代码.zip

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